33. Spieltag
| 30.05.09 14:00 | KSV Hessen Kassel |  |
 |
Vikt. Aschaffenburg | 4:0 (2:0) |
| SpVgg U´haching II |  |
 |
TSV Großbardorf | 2:1 (0:0) | |
| Karlsruher SC II |  |
 |
1. FC Heidenheim | 0:2 (0:0) | |
| SC Pfullendorf |  |
 |
Eintr. Frankfurt II | 2:2 (1:2) | |
| SSV Ulm 1846 |  |
 |
Waldhof Mannheim | 0:1 (0:1) | |
| 1. FC Eintr. Bamberg |  |
 |
Greuther Fürth II | 1:1 (1:1) | |
| 1860 München II |  |
 |
SC Freiburg II | 2:1 (1:1) | |
| 03.06.09 18:00 | 1. FC Nürnberg II |  |
 |
SSV Reutlingen | 1:1 (1:1) |
| 04.06.09 18:30 | SV Wehen Wiesb. II |  |
 |
SV Darmstadt 98 | 2:0 (2:0) |
34. Spieltag
| 06.06.09 14:00 | SC Freiburg II | |
|
KSV Hessen Kassel | 1:3 (0:1) |
| Greuther Fürth II | |
|
1860 München II | 0:4 (0:0) | |
| Waldhof Mannheim | |
|
1. FC Eintr. Bamberg | 0:0 | |
| Eintr. Frankfurt II | |
|
SSV Ulm 1846 | 3:1 (3:1) | |
| SSV Reutlingen | |
|
SC Pfullendorf | 1:0 (0:0) | |
| 1. FC Heidenheim | |
|
1. FC Nürnberg II | 0:3 (0:1) | |
| TSV Großbardorf | |
|
Karlsruher SC II | 1:3 (0:0) | |
| SV Darmstadt 98 | |
|
SpVgg U´haching II | 6:3 (3:1) | |
| Vikt. Aschaffenburg | |
|
SV Wehen Wiesb. II | 2:0 (2:0) |